Ngay sau khi đến kinh thành, La Nghệ liên kết chặt chẽ với Thái tử Lý Kiến Thành- đang tranh giành quyền lực với Lý Thế Dân. Có một lần, Lý Thế Dân sai người đến chỗ La Nghệ, song La Nghệ lại cho trói họ lại và đánh đập, khiến Đường Cao Tổ tức giận. Đường Cao Tỏ cho giam giữ La Nghệ trong một thời gian ngắn, song sớm phóng thích và đối đãi tốt như ban đầu. Trong một sự kiện khác vào năm 624, Lý Kiến Thành làm trái quy định của Đường Cao Tổ khi trưng dụng các tinh binh dưới quyền La Nghệ để tăng cường đội cận vệ của mình, và khi việc này bị phát giác, Đường Cao Tổ quở trách Lý Kiến Thành.

Vào mùa hè năm 625, vùng Quan Trung nhiều lần bị Đông Đột Quyết tiến công, Đường Cao Tổ cho thay đổi vị trí một số tướng lĩnh để ngăn chặn các cuộc tiến công này. Trong đó, quân nằm dưới quyền chỉ huy của La Nghệ đóng ở Hoa Đình (華亭, nay thuộc Bình Lương, Cam Túc) và Đàn Tranh Hiệp (彈箏峽, nay thuộc Cố Nguyên, Ninh Hạ).

Vào mùa hè năm 626, quân Đông Đột Quyết lại tiến công, Đường Cao Tổ phái Tề vương Lý Nguyên Cát (thuộc phe Thái tử) suất quân chống Đông Đột Quyết, La Nghệ là một bộ tướng dưới quyền Lý Nguyên Cát. Tuy nhiên, khi đó Lý Thế Dân đã ra tay trước, tiến hành phục kích giết chết Lý Kiến Thành và Lý Nguyên Cát trong sự biến Huyền Vũ môn, sau đăng cơ làm hoàng đế, tức Đường Thái Tông.